Co-créée dans la ville de Lyon en 1998 par Emilie Flacher, Elise Garraud, Lucie Sorin, Alexandra Vuillet, la compagnie Arnica initie d’abord une envie artistique tournée vers les écritures contemporaines. Les premiers spectacles jouent dans les bars, les cafés populaires et les jardins publics, dans une dimension à la fois exigeante et accessible populaire sur des textes de Matei Visniec et de Louis Calaferte. Très vite, elles découvrent la marionnette par la rencontre avec le travail du Théâtre du Fust, Emilie Valantin et Jean Sclavis , impulsent la création d’un premier spectacle de marionnettes, d’après les textes de l’auteur Louis Calaferte « CLAP ».
Entre 2002 et 2006, la Compagnie Arnica s’installe sur un territoire en milieu rural dans l’Ain, sur la commune de Neuville-sur-Ain. Elle fait de son implantation la base arrière de ses créations et de ses projets d'actions culturelles. Elle s’intéresse aux écritures de Jorn Riel, de Jean-Pierre Siméon, de Patrick Dubost, de Gregory Motton. Les spectacles sont repérés par le milieu professionnel et partent jouer dans les festivals de théâtre de marionnettes à Dives-sur-Mer, Mirepoix, Chalon-sur-Saône et Strasbourg.
Entre 2007 et 2012, la compagnie entre en résidence au Théâtre de Bourg-en-Bresse, première scène conventionnée pour le théâtre de marionnettes. Emilie Flacher affirme sa place en qualité de metteuse en scène et de directrice artistique de la Cie Arnica. Elle met à profit ce temps de résidence long pour élaborer sa démarche artistique en s’essayant à différents registres. Elle crée une tragédie Grecque sur des textes d’Eschyle, un Opéra Baroque (projet participatif), passe une commande d’écriture à Patrick Dubost et adapte le roman de Carole Martinez Le Cœur cousu. En 2010, Alexandra Vuillet , après avoir participé à la structuration de la compagnie et à toutes les créations en qualité de comédienne marionnettiste, poursuit son chemin professionnel sur Paris.
Entre 2009 et 2014, les mises en scène d’Emilie Flacher sont reconnues en étant accueillies dans les grands festivals contemporains de marionnettes : Les Giboulées de Strasbourg (67), le Festival Mondial des Théâtre de Marionnettes de Charleville-Mézières (08) pendant 4 années consécutives, ainsi que la BIAM, Biennale des Arts de la Marionnette organisée par le Théâtre de la Marionnette à Paris (75).
Entre 2011 et 2015, Emilie Flacher est associée à la Maison du Théâtre, Centre de ressource pour le théâtre contemporain basé à Jasseron dans l'Ain.
S’ouvre alors pour elle une nouvelle façon de créer dans une collaboration directe avec des auteur·ice·s. Elle travaille main dans la main avec l’auteur Sébastien Joanniez et l’autrice algérienne Amira-Géhanne Khalfallah sur l’histoire commune entre la France et l’Algérie. Pendant cette même période, elle tisse des collaborations privilégiées en résidence avec le Théâtre Gérard Philippe à Frouard (54), au leThéâtre Massalia à Marseille (13), au Centre Culturel Théo Argence de St Priest (69) et au Théâtre Municipal de Roanne (42).
En 2016, Emilie Flacher est lauréate du dispositif dramaturgie plurielle d’Artcena dans la catégorie Dramaturgie plurielle pour l’écriture de CLAIRIERE, spectacle autobiographique pour un très jeune public.
En 2017, la Compagnie Arnica installe un Lieu de fabrique pour le théâtre de marionnettes dans l’INSPE de l’AIN. Ce Lieu de fabrique est la base arrière d’où partent les projets de créations et d’action culturelle.
En 2018, elle est conventionnée par le Ministère de la Culture, la Région Auvergne-Rhône-Alpes, le Département de l’Ain et la Ville de Bourg-en-Bresse.
De 2018 à 2020, elle développe un cycle de création sur la fable animale et crée 4 pièces sur des textes de Pau Miro, Anaïs Vaugelade, Gwendoline Soublin et Julie Aminthe. Ses créations sont co-produites par le TNG à Lyon, le Théâtre Massalia à Marseille, la Scène Nationale de Bourg-en-Bresse, le Théâtre Jean Vilar à Vitry sur Seine.
Son spectacle BUFFLES rencontre un beau succès à Avignon en 2021 et se produit au niveau national plus de 80 fois. La collaboration fructueuse avec Maud Dréano, chargée de à la diffusion de 2018 à 2024, a permis d’élargir le réseau au niveau national.
En 2021, Emilie Flacher met en scène le spectacle de fin d’étude de l’ESNAM (12e promotion) sur un texte de Samuel Gallet « La bataille d’Eskandar ».
Entre 2022 et 2025, elle compagnonne avec Julie Aminthe et Gwendoline Soublin pour chercher des écritures pour la marionnette, s’essayant à des formes et des techniques en collant à des sujets d’actualités et de mutations de notre monde. Dans ces années de recherches, elle ouvre sur des nouvelles techniques de marionnettes : la gaine, la marionnette à fil. Elle est accompagnée par les théâtres suivants : Scène Nationale de Bourg en Bresse, le METT- Le Teil, la Comédie de Valence - CDN Drôme-Ardèche, L’Hectare – Territoires Vendômois – Centre National de la Marionnette, le Théâtre Jean Vilar-Vitry sur Seine, le Théâtre de Privas, le Dôme-Théâtre d’Albertville, l’Espace 600-Grenoble, le Théâtre de la Croix Rousse – Lyon, la Coloc de la Culture-Cournon d’Auvergne, la Maison des Arts et du Léman – Thonon-Evian.
En 2026, elle ouvrira un nouveau chapitre de son histoire : elle se tourne vers le répertoire des classiques contemporains pour inventer plusieurs projets de création.